Question

porque as bactérias adquirem resistência?

Answer 1

Para manterem a sua sobrevivência elas precisam adaptar o seu código genético. Assim, por exemplo, muitos antibióticos deixam de funcionar depois de determinado tempo. 

Answer 2

Porque a evolução da população de bactérias é muito rápida, dada a quantidade de indivíduos da população e à alta taxa  de reprodução delas em função do tempo.

Quando se utiliza um antibiótico, digamos que 99% dos indivíduos da população das bactérias morrem. Mas, por algum motivo (que pode ser uma mutação genética, que é um processo aleatório)  1% tem resistência ao antibiótico. Este 1 % começará a se reproduzir e em pouco tempo a população bacteriana estará do tamanho da primeira, ou inclusive maior.

Simplificadamente é assim que as bactérias adquirem resistência. Em outras palavras, o antibiótico realizou uma pressão seletiva à espécie, e ela evoluiu.