Question

John, come here!

por que a forma negativa desse é John, don’t come here!

por que não usou o verbo auxiliar "does" ja que john é "ele" terceira pessoa do singular

Answer 1

"Don't" é a mesma coisa que "does not", logo usou o auxiliar. 

Answer 2

Porque neste caso o interlocutor se dirige ao John, na segunda pessoa (You) e não na terceira pessoa (He)

"John (you) come here!" - John vem aqui! (tu ou você)
A negativa só pode ficar  - John (you) do not (don´t)  come here!