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A fase escura é um processo fotossintético, é denominado de quimiossíntese. Onde as bactérias presentes no solo, chamadas de bactérias fixadoras de nitrogênio no solo, vão auxiliar as raízes a assimilar o nitrogênio do ar atmosférico, porque as plantas leguminosas não conseguem absorvê-lo, que são necessários às planatas. Mas outras bactérias e fungos, presentes nesse ambiente, chamados decompositores, que decompõem animais mortos e restos de folhas que caem no solo e assim, devolvem à natureza os nutrientes que estavam no corpo desses seres decompostos.
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