Question

todos os programas java tem que ser executados dentro de um navegador

Answer 1

nem todos os programas

Answer 2

Não.

Na verdade, a maioria dos programas escritos em Java hoje em dia não rodam mais dentro do navegador.

Isso é coisa antiga, da época dos applets de navegador. Praticamente todos os navegadores modernos aboliram essa forma de executar Java devido a sérios problemas de performance e principalmente de segurança.