Question

porque o termo atomo não esta de acordo com o que se hoje se sabe dessa particula?

Answer 1

Porque átomo quer dizer indivisível, no entanto sabemos que ele é composto de muitas partículas, como prótons, nêutrons, elétrons  etc.
Por processos físicos estas partículas podem ser retiradas do átomo, quebrando-o. (Ex. aceleradores de protons) ou processos químicos (Ex. reações químicas iônicas, onde os elétrons são transferidos de um átomo para outro),