Question

porque havia uma superioridade militar sobre os incas e os astecas

Answer 1

Por mais inteligentes e desenvolvidas que os povos incas, astecas e maias fossem, quanto a astronomia, e diversas outras áreas, tal superioridade pontual não conseguia rivalizar com as armas de fogo espanholas, coisa que não tinham resistência alguma, já que eram um povo indígena como todos os outros que foram subjugados e a maioria, "extinta". (Sem preconceito.)

Além disso, tais povos viram a chegada de Cortez e sua tripulação como uma "encomenda" dos deuses que faziam parte da sua cultura, o que possibilitou uma dominação ainda mais rápida e fácil.
Uma boa história para ver tal dominação é a de Montezuma, que chegou até a ser retratada em um jogo chamado Age of Empires 2, junto com as histórias de diversos outros conquistadores.