Question

O que fazer para a natureza não destruir uma cidade?

Answer 1

Apenas não poluir assim ela não vai acabar com a cidade.

Answer 2

Acredito que a pergunta esteja se referindo aos desastres naturais...

Se for isso, basta respeitar os limites do meio ambiente planejando as cidades para que se integrem à natureza (e não o contrário).
No Japão, país onde os terremotos são frequentes, as construções são planejadas para resistirem aos tremores.
As grandes metrópoles, como São Paulo, p. ex., foram crescendo de forma desordenada e ocupando sem limitações as áreas de mata nativa, várzeas de rios, retificando e represando ou tamponando cursos de água (para criar mais estradas por cima), impermeabilizando o solo com asfaltamento, etc. A especulação imobiliária gerou "ilhas de calor" nas regiões mais centrais (muitos prédios, muito concreto). Para piorar o que já estava ruim, o uso excessivo de combustíveis fósseis (como o petróleo e seus derivados), os rejeitos industriais e esgotos sem tratamento, o excesso de lixo e materiais descartáveis sem uma destinação adequada, dentre outros fatores, foram degradando água, ar e solos além de colaborarem para a modificação gradual das condições químicas (acidificação) e físicas (temperaturas) da atmosfera. 
Compreendendo todos esses fatores, é fácil "ligar os pontos":
Acúmulo de lixo com assoreamento (diminuição da profundidade) dos rios e córregos que cortam as cidades (quando não são tamponados para criar mais espaço para o trânsito de carros), solo impermeabilizado por asfalto, destruição da mata ciliar (aquela que fica nas várzeas dos rios) para dar espaço à construções irregulares são alguns dos fatores que levam às enchentes e deslizamentos de terra que causam tantas vítimas todos os anos;
Lixo descartado em locais impróprios também leva a proliferação de animais transmissores de doenças (insetos, ratos) e a poluição do ar provoca doenças respiratórias principalmente em crianças e idosos;
Chuvas ácidas (consequência da poluição do ar das cidades) corroem, aos poucos, as estruturas metálicas ou de mármores das construções.
Estes são só alguns exemplos do que acontece quando a natureza não é respeitada pelo Homem.