Question

o que diferencia as entradas das bandeiras ?

Answer 1

 Entradas, pela Metrópole. Bandeiras eram expedições financiadas por senhores de engenho, comerciantes etc..

Answer 2

No contexto político do Brasil Colônia, a metrópole sempre teve interesses em expandir o seu domínio e buscar mais riquezas, pois o sistema político na época se tratava do mercantilismo, logo quanto mais riquezas mais ''rico'' o país era considerado. Assim, houve a necessidade de Portugal em buscar minérios através de expedições oficiais, nos quais várias classes sociais, como índios e alguns homens livres eram obrigados e (pagos) a buscar minérios, e havia também expedições, que digamos, se tratava de assuntos mais particulares de membros da elite e de outras camadas sociais, que eram as bandeiras, no qual constituía em expedições por pedras preciosas. 
Em síntese, as entradas eram expedições oficiais pagas por Portugal, e as bandeiras eram expedições de membros da elite no Brasil, que tinha caráter mais particular.