Question

há alguma relação desses alimentos que são denominados naturais com a química?

Answer 1

Sim, não existe alimento natural sem química, todos tem química, existe alimento sem adição de elementos prejudiciais a saúde. A química está em tudo. 

Answer 2

Sim, com certeza.

A química estuda a matéria e suas transformações.
E o que são os alimentos naturais? Matéria.
 
Então, mesmo que não sejam frutos de processos artificiais eles tem relação com a química.
Perceba que em muitos desses alimentos encontramos nutrientes indispensáveis à nossa sobrevivência. 
Por exemplo, os aminoácidos essenciais. Nós não produzimos eles, mas podemos encontrá-los nos alimentos naturais também. E o que são aminoácidos? Não são moléculas formadas por um carbono ligado à um radical, a um ácido carboxílico e uma amina? 
Pois bem, aqueles são formados por átomos, moléculas, elementos.... E tudo isso pertence ao campo de  estudo no qual a Química se insere.

Espero ter ajudado,
Bons estudos.