É mais fácil separar nucleotídeos que unem as duas fitas complementares da molécula de DNA do que separar nucleotídeos que pertencem à mesma fita, porque as ligações entre nucleotídeos que unem as duas fitas são ligações de hidrogênio (também chamadas de pontes de hidrogênio), enquanto as ligações que unem nucleotídeos da mesma fita são do tipo fosfodiéster.PORQUE?
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As ligações fosfodiésteres são ligações covalente, ou seja, a força de interação dela é muito alta, tanto é chamada de ligação de 1º ordem. Em se tratando das ligações de hidrogênio, elas são um tipo de ligação intermolecular, de 2º ordem, sendo, assim, mais fáceis de se soltar em relação às de 1º ordem . Embora a lig de hidrogênio seja mais vulnerável para se soltar em relação às fosfodiesteres, ela também tem força. Tanto é que é preciso da enzima helicase, que, na hora da replicação do RNA, desestabilizará a ligação de hidrogênio
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