Como ficou conhecido o movimento de Oswaldo cruz
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Diretor-geral da Saúde Pública (1903), nomeado por José Joaquim Seabra, Ministro da Justiça, e pelo Presidente Rodrigues Alves, coordenou as campanhas de erradicação da febre amarela e da varíola, no Rio de Janeiro. A nomeação foi uma surpresa geral. Organizou os batalhões de "mata-mosquitos", encarregados de eliminar os focos dos insetos transmissores. Convenceu Rodrigues Alves a decretar a vacinação obrigatória, o que provocou a rebelião de populares e da Escola Militar (1904) contra o que consideram uma invasão de suas casas e uma vacinação forçada, o que ficou conhecido como Revolta da Vacina. A cidade era uma das mais sujas do mundo, pois dos boletins sanitários da época se lê que a Saúde Pública em um mês vistoriou 14.772 prédios, extinguiu 2.328 focos de larvas, limpou 2.091 calhas e telhados, 17.744 ralos e 28.200 tinas. Lavou 11.550 caixas automáticas e registos, 3.370 caixas d´água, 173 sarjetas, retirando 6.559 baldes de lixo e dos quintais de casas e terrenos 36 carroças de lixo, gastando 1.901 litros de petróleo (são dados do livro indicado abaixo, de Sales Guerra). Houve um momento em que foi apontado como «inimigo do povo», nos jornais, nos discursos da Câmara e do Senado, nas caricaturas e nas modinhas de Carnaval. Houve uma revolta, tristemente célebre como a revolta do «quebra-lampeão», em que todos foram quebrados pela fúria popular, alimentada criminosamente durante meses pela demagogia de fanáticos e ignorantes.
Premiado no Congresso Internacional de Higiene e Demografia, em Berlim (1907), deixou a Saúde Pública (1909).
Dirigiu a campanha de erradicação da febre amarela em Belém do Pará e estudou as condições sanitárias do vale do rio Amazonas e da região onde seria construída a Estrada de Ferro Madeira-Mamoré em Rondônia.
Em 1916 ajudou a fundar a Academia Brasileira de Ciências e, no mesmo ano, assumiu a prefeitura de Petrópolis. Doente, faleceu um ano depois, não tendo completado o seu mandato.