Como era a vida dos indígenas nas missões ?
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Deste modo, junto com as expedições vinham também padres, especialmente os padres da Companhia de Jesus, que tinha como vocação específica a catequese de povos não-cristãos.
Fazia parte do projeto jesuíta a construção de colégios que serviriam de base catequética para os povos recém-dominados.
Assim, em 1549, desembarcam no Brasil os padres que vinham catequizar os povos indígenas. Eles chegam junto com o primeiro governador-geral do Brasil, Tomé de Sousa, e têm como superior o padre Manuel da Nóbrega.
Destaca-se na atuação jesuíta no Brasil a fundação dos colégios, o primeiro na capital do Brasil, Salvador, e após um no Rio de Janeiro, um em Pernambuco e outro na Bahia.
Deve-se também aos jesuítas a fundação de importantes vilas e cidades em torno das missões, tal como a cidade de São Paulo, que se originou a partir do colégio e teve como principal responsável o Padre Anchieta, que foi beatificado pela Igreja Católica.
O padre Anchieta compôs uma gramática da língua tupi para facilitar a comunicação entre os padres e os indígenas, além de peças de teatro e poesias de cunho catequético.
No colégio, os jesuítas ensinavam também Teologia, Religião, Letras e Filosofia.
Um importante reduto jesuíta no Brasil era a colônia de Sete Povos das Missões, no Rio Grande do Sul, na época dominado pela Espanha.
Os jesuítas foram expulsos do Brasil no século XVIII pelo primeiro-ministro português, Marquês de Pombal, que retirou a Igreja Católica do domínio da educação de Portugal e suas colônias.