Alem das atividades extrativistas e agricolas o que mais os indigenas faziam ? e de estudos amazonicos ta
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uitas vezes as tribos eram deslocadas do interior, pelos missionários, em longas caminhadas, para serem aldeadas perto das vilas. Outras narrativas descrevem que, durante o trajeto, as crianças padeciam especialmente, mas (...) "como já fossem batizadas, os padres exultavam; eram tantas almas ganhas para o céu."
Dentro do vasto território que compreendia o Estado do Maranhão, além do Vale Amazônico, onde predominava a atividade extrativa, existia a capitania do Maranhão, potencialmente agrícola, sobrevivendo já há algum tempo da lavoura de subsistência, de algum açúcar e de gado. Ainda no decorrer do século XVII iniciou-se ali a produção do tabaco e do algodão.
Entretanto os proprietários enfrentavam dificuldades para obter a mão-de-obra necessária. Como os recursos destinados à compra dos escravos africanos não eram suficientes para garantir um abastecimento regular, os colonos justificavam e persistiam no apresamento e na escravização dos indígenas.
Esta atitude gerava desentendimentos com os missionários, especialmente os jesuítas que, em 1665, conseguiram um Alvará Régio que colocava os índios da região sob a sua autoridade exclusiva.
Os protestos dos colonos se espalharam. Entre 1660 e 1661, em São Luís e Belém, ocorreram revoltas contra os jesuítas. Os conflitos prosseguiram sem solução nas décadas seguintes. Ao contrário: a situação agravava-se pela disputa entre as ordens religiosas, e pela pobreza da população do Estado do Maranhão. Também a falta de uma moeda circulante contribuía para aumentar a crise. Na época, naquela região, sementes de cacau e novelos de algodão chegavam a ser utilizados com tal finalidade.
A Lei de 1º de abril de 1680 determinou a abolição da escravidão indígena, sem qualquer exceção, delimitando, mais adiante, as respectivas áreas de atuação das diversas ordens religiosas.