primeiras medidas adotadas por marechal deodoro da fonseca durante o governo provisório
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Como não havia ninguém para anistiar, o governo republicano resolveu decretar a grande naturalização, em 14 de dezembro de 1889, pela qual passariam a ser brasileiros todos os estrangeiros residentes no país que não manifestassem, no prazo de seis meses, o propósito de conservar a respectiva nacionalidade.
Em 18 de dezembro de 1889, houve um motim no 2º Regimento de Artilharia Montada. Era um sintoma da indisciplina militar que se seguiu ao golpe que proclamou a república. Embora não se tenha demonstrado qualquer relação do motim com elementos monarquistas, o Governo acusou-os de maquinarem o levante, decretando o banimento do Visconde de Ouro Preto, de seu irmão Carlos Afonso de Assis Figueiredo e de Gaspar da Silveira Martins.
Também a imprensa foi acusada de insuflar perturbações contra o regime. Assim, por um decreto de 23 de dezembro resolveu-se instituir a censura e suprimir a liberdade de imprensa, criando uma junta, composta só de militares, incumbida de julgar sumariamente os que fossem acusados de abusos no exercício do jornalismo. Historiadores afirmam que o Governo Provisório republicano foi a primeira ditadura militar do Brasil.
Em 15 de janeiro de 1890, Deodoro foi aclamado, pelas tropas, Generalíssimo de Terra e Mar, tornando-se, assim, o único oficial-general de seis estrelas no Brasil. Por decreto de 25 de maio, todos os ministros civis receberam a patente de general-de-brigada.
Em 7 de janeiro de 1890 foi decretada a separação entre a Igreja e o Estado. Por um decreto de Deodoro, o Brasil deixou de ser um país oficialmente católico, apesar de o catolicismo ser professado pela quase totalidade do povo brasileiro, na época. Foi também extinto o padroado, ou seja, a intervenção do Estado nos assuntos da Igreja.
Em 23 de janeiro do mesmo ano, foi institucionalizado o casamento civil, ficando sem efeitos jurídicos o matrimônio religioso. Também foi instituído o registro civil, proibido o ensino de religião nas escolas públicas e secularizados os cemitérios.
Em 17 de janeiro de 1890, o ministro da Fazenda, Rui Barbosa, intentando deslocar o eixo da economia brasileira da agricultura para a indústria, deu início a uma reforma monetária e bancária, baseada nos melhores livros estrangeiros. A reforma consistia em autorizar os bancos a emitir papel-moeda sem lastro em ouro e prata. O sistema de bancos emissores e as facilidades concedidas para a organização de empresas provocaram inflação e uma desastrosa especulação financeira, com a crise da bolsa e a ruína de numerosos investidores. A crise ficou conhecida como o "encilhamento".
Por iniciativa do Ministro da Guerra, Benjamin Constant, foi reformado o ensino militar, de modo a receber nítida influência da doutrina positivista. Entrando Benjamin em grave divergência com Deodoro, foi transferido para a recém-criada pasta da Instrução Pública, Correios e Telégrafos, o que significou, de fato, a sua morte política. Para substituí-lo, no Ministério da Guerra, foi nomeado o Marechal Floriano Peixoto.
Em 11 de outubro de 1890, foi promulgado o novo Código Penal, que extinguia a pena de morte, em tempo de paz, no Brasil e através do decreto-lei 487, Marechal Deodoro da Fonseca, determinou que todo o capoeira pego em flagrante seria desterrado para a ilha de Fernando de Noronha por um período de 6 meses.
Duas correntes republicanas se chocavam dentro do próprio Governo Provisório: a corrente liberal-democrática, que visava a uma República federativa e presidencial, com separação de poderes, nos moldes estadunidenses; e a corrente positivista, que defendia uma ditadura republicana, segundo os princípios do filósofo Auguste Comte. Venceu a corrente liberal-democrática, sustentada por Campos Sales, Rui Barbosa e Prudente de Morais.
Em 17 de janeiro de 1891 houve a última reunião ministerial do Governo Provisório. Nela tratou-se de uma concessão de garantia de juros para as obras do porto de Torres, no Rio Grande do Sul – concessão que Deodoro prometera a uma amigo pessoal. Rui Barbosa, o Ministro da Fazenda, que não pôde comparecer à reunião, mandou seu voto por escrito, absolutamente contrário, tanto a esta como a outras garantias de juros. Os Ministros presentes foram todos do mesmo parecer. Deodoro permaneceu irredutível e, quatro dias depois, a 21 de janeiro, aceitava a demissão coletiva do ministério, nomeando, para substituir os Ministros demissionários, antigos políticos do regime monárquico, chefiados pelo Barão de Lucena, amigo íntimo de Deodoro.